La evaluación institucional comprende dos fases principales: la autoevaluación institucional o evaluación interna y la evaluación externa.
La tarea se inicia con la firma de un acuerdo entre la CONEAU y la institución universitaria que manifieste su interés por evaluarse y ser evaluada. Para las instituciones universitarias tanto estatales como privadas se aplica el Modelo de convenio general para implementar el proceso de evaluación institucional.
Las instituciones universitarias privadas que cuentan con autorización provisoria pueden optar por solicitar la evaluación externa ante CONEAU en forma simultánea a la solicitud de reconocimiento definitivo ante la Dirección Nacional de Gestión Universitaria, dado que dicha evaluación es requisito para el reconocimiento. En este caso, la evaluación externa se regirá por lo previsto en las Ordenanzas CONEAU N° 028/01 y 029/01.
