La CONEAU tiene mandato legal para intervenir en la autorización de nuevas instituciones universitarias pronunciándose acerca de la consistencia y viabilidad de los proyectos institucionales para que el Ministerio de Educación autorice la puesta en marcha de nuevas instituciones universitarias nacionales previamente creadas por ley nacional, para el reconocimiento de instituciones universitarias provinciales creadas por ley provincial y para el otorgamiento de autorización provisoria de nuevas instituciones universitarias privadas así como su seguimiento y reconocimiento definitivo.
Las resoluciones de la CONEAU, elevadas al Ministerio, son vinculantes cuando la recomendación es desfavorable.
Todos los trámites del área de Proyectos institucionales se inician en la Dirección Nacional de Gestión Universitaria del Ministerio de Educación de la Nación.
