Dentro del ámbito de la Secretaría de Políticas Universitarias, creada a comienzos de 1993, se iniciaron dos instancias operativas, vigentes a la fecha de la sanción de la Ley 24.521 de Educación Superior, de las cuales se hizo cargo la CONEAU desde su constitución.
♦ A partir de 1993 el entonces Ministerio de Educación y Cultura de la Nación firmó 16 convenios con universidades nacionales, dos con asociaciones de facultades y uno con una universidad privada para planear e implementar procesos de evaluación institucional. Estos acuerdos preveían el asesoramiento para la realización de autoevaluaciones, que quedaron en manos de las mismas instituciones y la asistencia para constituir y coordinar comités de evaluación externa. Durante 1995 se completaron, dentro de este programa, las evaluaciones de tres universidades nacionales: del Sur, la de la Patagonia Austral y de Cuyo.
La CONEAU tomó bajo su responsabilidad la prosecución de los restantes convenios en lo relativo a las evaluaciones externas.
♦ A finales de 1994 el Ministerio creó la Comisión de Acreditación de Posgrados (CAP). Este organismo realizó durante 1995 una convocatoria a la acreditación voluntaria de maestrías y doctorados académicos. Más de 300 carreras de posgrado ofrecidas por universidades públicas y privadas respondieron a dicha convocatoria. La CAP dictaminó sobre su acreditación, con resultados positivos en aproximadamente dos terceras partes de las solicitudes y clasificó los programas acreditados según la calidad en tres categorías. El Ministerio de Educación de la Nación transfirió estos procedimientos de acreditación a la CONEAU, en el estado en que se encontraban en el momento de su constitución, dando por terminadas las funciones de la CAP.
